În From Dust, jucătorii au ocazia de a intra în rolul unui zeu numit The Breath, ale cărui puteri pot manipula forţele naturii. Evident, ca orice zeitate bună, The Breath este nevoit să-şi ajute populaţia să crească şi să înmulţească pe parcursul a 13 niveluri pline de provocări naturale.
Astfel, jucatorii pot opri şi devia râuri, distruge sau crea munţi, precum şi reconstrui insule, ajuta vegetaţia să crească sau opri incendii şi tsunamiuri. De asemenea, există si o serie de puteri speciale, limitate temporal, dar extrem de folositoare, prin intermediul cărora se poate împărţi marea în două în stilul lui Moise, se pot bloca valurile uriaşe sau se poate încetini înaintarea lavei.
From Dust include şi 30 de hărţi într-un mod numit Challenge, ce pot fi deblocate dacă jucătorii reuşesc să acopere complet cu vegetaţie insulele din campania principală. Acest mod constă într-o colecţie de puzzle-uri, pornind de la cele mai simpliste (stinge focul, treci apa) şi până la curse nemiloase contra timp şi nevoia de a folosi cele învăţate pe parcursul poveştii.